歷史
「八大神」像轴之一，太乙雷声普化天尊（1930年广州三元宫弟子张伟 绘）
派宗龍門 雙魚築館
1929年，广州越秀山三元宫住持麦星阶与全真龙门派道人何近愚、陈鸾楷同游香港，留宿于道侣李道明在粉岭安乐门村的别墅本立园。期间众人遥望双鱼洞一带山色秀丽，于晨曦初照时更看到半山中浮起五色祥云，赞叹那里正是人间仙境。众人有感而发，倡议在双鱼洞山麓兴建一座龙门正宗道院，作为道侣潜修的地方。众人回到广州后立即邀约同道集资买地，并将这所道院命名为「蓬瀛仙馆」。
適時應化 廣闢善基
在创馆初期，蓬瀛仙馆主要供道侣研经修养，同人清虚自守，力崇简约。直至1950年代，同人有见香港社会的发展和环境的转变，为求适时应化，广辟善基，决定改订章程，采用理监事制度。嗣后山门对外开放，并渐次开展施衣、赠药、济贫等善业。1951年，蓬瀛仙馆更向政府申请取得后山地段，经多年悉心规划，先后营建西斋、坤堂、从福亭、积厚亭、乐善亭、喜雨亭、蓬莱阁、永思堂、明台等建筑，园林景致，鸟语花香，成为新界一处胜景。
改組註冊 繼往開來
随着馆务发展，事务日益增多，同人考虑到要在社会上作进一步发展，故此于1972年向公司注册处注册为「有限公司」，以发展为一个集宗教、文化和公益于一体的现代宗教机构为目标。
鉴于善信游人与日俱增，自1970年代末起同人开始重新规划全馆布局。1980年，恭奉太上道祖、纯阳吕祖师、长春丘祖师的三圣大殿「兜率宫」扩建完工，其两侧的喜雨楼和元辰殿大楼亦相继落成。太上道德经璧、十二生肖石、轩辕问道图、十二生肖铜首、二十四孝瓷画等雕塑和装饰，把道教文化融合于建筑艺术之中，设计匠心独运，饶富特色。鸟瞰蓬瀛仙馆，可见到殿宇房舍，庄严巍峨，鳞次栉比，园林错综其间，体现了中国传统建筑和道观文化的特色。
弘道立德 濟世度人
向社会大众弘扬道教信仰和文化从来是蓬瀛仙馆的一大要务。自1990年代以来，蓬瀛仙馆的弘道工作紧贴时代的发展，以讲座、出版、展览、音乐、互联网、影视作品等交织出道教文化的新形象，当中较为显着的工作有香港道乐团、道教音乐汇演、百科全书形式网站「道教文化资料库」、《蓬瀛仙馆道教文化丛书》系列、《道学研究》学术期刊、《道德经》文化展览、「道通天地」频道等等。此外，为了推动道教学术研究，蓬瀛仙馆分别于2006年及2008年与香港中文大学及上海音乐学院展开了合作。
蓬瀛仙馆传承广东全真龙门派的传统，馆内的经忏团除了负责日常仪式和应缘法事外，更经常参与本地和海内外的大型宗教活动，致力宣扬科范。为传承和发扬科仪经忏文化，蓬瀛仙馆以「保护单位」的身份成功将「全真道堂科仪音乐」申报为国家级非物质文化遗产代表性项目。
遵循道教「济世度人」的信念，蓬瀛仙馆的公益活动随着时代发展，从早期以赈济为主，转为发展有组织的医疗、教育及社会服务，以照顾社会基础大众对非牟利服务的需要。蓬瀛仙馆从1996年加入香港社会服务联会，现时办有中医门诊、流动中医诊疗车、幼稚园、青年自修室、奖助学金、长者邻舍中心、家庭综合服务中心等等多个项目。除此以外，蓬瀛仙馆经常支持政府、公营机构和其他团体的公益事业，尤其是协助改善新界东的公共医疗服务。
道教信仰一脉相承，蓬瀛仙馆先后于1992年、2002年和2016年，与北京白云观、台北指南宫和新加坡贒当宫结盟，展开紧密的交流和合作，共谋发展，期望能为大阐玄风、创建和谐，作出更多贡献。