蓬瀛仙館於1989年在上水太平邨創辦太平幼稚園，至今已有30年歷史。學校辦學著重啟發兒童，重視品德教育，發掘兒童的智慧潛能，促進學童德、智、體、群、美之發展。目前太平幼稚園參加了教育局的「免費優質幼稚園教育計劃」，為幼兒提供全日制和半日制課程。2018至2019年幼稚園完成了多項修繕工程，校舍煥然一新。

為進一步推動區內的教育發展，蓬瀛仙館於2013年及2014年分別成為香港道教聯合會鄧顯紀念中學及元朗公立中學校友會小學的協辦團體，將辦學力量從幼稚園擴大至中、小學範圍。兩所學校運用蓬瀛仙館提供的資源添置和更換教學設備、舉辦活動，以及設立獎學金等等，提升教學質素。

香港人口稠密，居住環境擠迫，為了讓莘莘學子能夠專心學習，蓬瀛仙館於公共屋邨成立兩所自修室，分別是1987年開辦彩園青年自修室及1990年開辦天平青年自修室。自修室為勤奮的學生提供了一個安靜、舒適、整潔的學習環境。

蓬瀛仙館於1992年起設立公開考試成績優良獎，頒發獎學金及獎狀予參與公開考試的學生，以表揚莘莘學子努力學習，及樹立良好的榜樣。這個項目的受惠對象包括北區區內中學、香港道教聯合會、仁濟醫院及博愛醫院屬校的學生以及館員子弟。除此以外，蓬瀛仙館亦在香港中文大學敬文書院、元朗公立中學校友會屬校設立獎助學金，以表揚勤奮好學的學生。

有鑒於北區基層人口數目眾多，這些家庭的狀況一旦發生突然變化，經濟往往陷入困境，而其在學家庭成員的生活和學業難免受到影響，亟需即時援助。2015年，蓬瀛仙館設立了「學生緊急援助金」，旨在為有需要的學生家庭在申請到長期援助前，提供一次性緊急現金援助。

為了增進香港青少年對中國傳統文化及祖國國情的認知，蓬瀛仙館在2014年借着85周年館慶的機會，舉辦了「探索與傳承：嶺南文化青年營」學生交流團活動。由於反應良好，故此當年至2019年六年間與香港十一間中學合作共九個學生交流團，帶領中學生遊覽祖國歷史文化名勝及宮觀，並與當地青年學生交流，以及認識當今中國的社會發展狀況，足跡已經遍及廣東省多個城市、福建省泉州市及陝西省西安市。這系列活動自2016年起更多次獲得青年發展委員會的撥款贊助，至今共有超過五百多名學生人次參加。

蓬瀛仙館於2012年與華南師範大學文學院簽訂協議設立「蓬瀛仙館助學金」，開始全額資助該院貧困學生完成整個大學課程。這個項目免除了學生和他們家庭的經濟和生活壓力，當他們順利投身社會，就真正可改變自己和家庭的未來。